跖疣初期的小泡泡可以通过以下方法治疗：
1.冷冻治疗：利用低温液氮将疣体冻死，适用于疣体数量较少、面积较小的情况。
2.激光治疗：通过激光的高温将疣体碳化，优点是见效快，但价格相对较高。
3.外用药物：涂抹具有腐蚀作用的药物，如5-氟尿嘧啶软膏、咪喹莫特乳膏等，需要坚持使用一段时间。
4.口服药物：对于疣体数量较多或病情较为严重的患者，医生可能会建议口服抗病毒药物或免疫调节剂。
5.注意事项：治疗期间应避免疣体受到刺激，不要自行修剪或撕扯疣体，同时要保持足部清洁干燥，勤换鞋袜。
需要注意的是，跖疣具有传染性，治疗后要注意个人卫生，避免传染给他人。如果跖疣症状持续不缓解或加重，建议及时就医，遵医嘱进行治疗。