跖疣初期的小泡泡可能是由于病毒感染引起的，可以通过以下方法进行治疗：
1.外用药物：可以使用一些外用药物，如抗病毒药物、角质促成剂、角质松解剂等。这些药物可以直接作用于疣体，抑制病毒复制，促进疣体脱落。常见的外用药物包括咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏、酞丁安软膏等。
2.物理治疗：物理治疗也是治疗跖疣的常用方法之一。包括冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等。这些方法可以通过物理手段破坏疣体组织，达到治疗的目的。
3.口服药物：对于疣体较多或病情较严重的患者，可以口服一些抗病毒药物或免疫调节剂，以增强机体免疫力，抑制病毒复制。常见的口服药物包括阿昔洛韦、伐昔洛韦、左旋咪唑等。
4.注意个人卫生：跖疣是一种传染病，患者应注意个人卫生，避免与他人共用鞋子、袜子、毛巾等物品，以免传染给他人。同时，要保持足部清洁干燥，避免长时间浸泡在水中。
需要注意的是，跖疣的治疗方法应根据疣体的大小、数量、病情严重程度等因素选择合适的治疗方案。在治疗过程中，患者应注意避免搔抓疣体，以免引起自身接种传播。如果疣体较大或治疗效果不佳，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。