自身免疫性脑炎治愈后可能会留下一些后遗症，具体包括：
1.认知障碍：患者可能会出现记忆力下降、注意力不集中、语言理解和表达困难等认知障碍。
2.精神症状：如抑郁、焦虑、幻觉、妄想等。
3.运动障碍：可能出现共济失调、震颤、肌肉无力等。
4.自主神经功能障碍：如多汗、流涎、排尿障碍、性功能障碍等。
5.癫痫：部分患者可能会出现癫痫发作。
6.其他：如睡眠障碍、头痛等。
需要注意的是，这些后遗症的出现和严重程度因人而异，一些患者可能会完全恢复，而另一些患者可能会存在长期的影响。对于出现后遗症的患者，医生可能会建议进行康复治疗、药物治疗或心理治疗等，以帮助患者恢复和改善生活质量。同时，患者和家属也需要积极配合治疗，注意日常生活护理和心理调节，以促进患者的康复。如果出现任何不适或症状加重，应及时就医。