头疼的原因有很多，体温35.5°C伴头疼可能与以下因素有关。
1.感染：体温35.5°C可能是由于测量误差或基础体温较低，头疼可能是感染的症状之一，如感冒、脑膜炎等。
2.药物副作用：某些药物可能会引起头疼，如降压药、抗抑郁药等。
3.头部损伤：头部受到外伤或打击可能导致头疼。
4.神经痛：三叉神经痛、偏头痛等神经痛也会引起头疼。
5.其他：紧张性头疼、颈椎病、青光眼等也可能导致头疼。
如果头疼持续不缓解或伴有其他症状，如恶心、呕吐、发热、颈项强直等，应及时就医，进行相关检查，如头颅CT、血常规等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，应注意休息，避免劳累和情绪激动。