根据你提供的信息，我给出的答案如下：
1.先兆流产：怀孕三个月肚子疼得十分厉害，可能是先兆流产的表现。先兆流产主要与胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素等有关。此外，孕妇的情绪波动、过度劳累、性生活等也可能诱发先兆流产。除了肚子疼，还可能伴有阴道流血等症状。如果出现这些症状，建议及时就医，进行超声检查、血β-HCG及孕酮测定等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，应注意休息，避免劳累和性生活，必要时进行保胎治疗。
2.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床。怀孕三个月时，宫外孕破裂可导致剧烈腹痛，甚至休克。宫外孕的主要原因是输卵管炎症、输卵管手术、放置宫内节育器等。此外，受精卵游走、辅助生殖技术等也可能导致宫外孕。除了肚子疼，还可能伴有阴道流血、恶心、呕吐等症状。如果怀疑宫外孕，应及时就医，进行超声检查、血β-HCG测定等，以明确诊断。一旦确诊宫外孕，应尽早治疗，可选择手术治疗或药物治疗。
3.其他：怀孕三个月肚子疼得十分厉害还可能与其他疾病有关，如急性胃炎、急性胰腺炎、肠梗阻等。这些疾病也可能伴有其他症状，如恶心、呕吐、发热等。如果疼痛持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。
总之，怀孕三个月肚子疼得十分厉害是一种异常情况，可能提示着严重的问题。建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情愉快，注意个人卫生，按时进行产前检查。