肾结石碎石后还疼可能是碎石排出过程中刺激尿路引起，也可能存在残留结石、感染等情况。
一、碎石排出刺激尿路
碎石后，结石碎块会通过输尿管等尿路排出，这个过程中会刺激尿路黏膜，导致疼痛，一般这种疼痛会随着结石逐渐排出而减轻，通常在碎石后数天内出现。
二、残留结石问题
若碎石不彻底，仍有较小结石残留，它们也会移动，刺激尿路，引发疼痛，可能在碎石后较长时间持续或反复出现，尤其对于结石较大、较复杂的患者更易发生。
三、感染因素影响
碎石操作可能导致尿路黏膜损伤，增加感染风险，一旦发生感染，会出现疼痛、发热等症状，感染可能在碎石后不久出现，与患者自身免疫力、碎石操作等有关。
四、个体差异情况
不同患者对疼痛的敏感程度不同，一些患者可能本身对疼痛较敏感，即使碎石后情况不严重也会感觉疼痛较明显，另外，年龄较大或有基础疾病的患者，身体状态不同，对疼痛的感受和恢复情况也有差异。