肾结石碎石后仍疼痛，可能是碎石排出过程中刺激尿路、局部组织损伤或存在残留结石等多种因素导致。
一、碎石排出刺激尿路
碎石后的小结石在通过输尿管等尿路管道时，会刺激尿路黏膜，引发痉挛性疼痛，这种情况多在碎石后短时间内出现，一般随着结石逐渐排出，疼痛会有所缓解。
二、局部组织损伤
碎石过程中可能对肾脏、输尿管等部位的组织造成一定损伤，损伤部位会有炎症反应等，从而引起疼痛，损伤修复需要一定时间，所以可能会持续有疼痛感。
三、残留结石影响
若碎石不够彻底，仍有部分较大结石残留，残留结石会持续刺激尿路，导致疼痛持续存在，需要进一步处理残留结石来缓解疼痛。
四、个体差异因素
不同患者对疼痛的敏感程度不同，一些患者本身对疼痛较为敏感，即使结石情况不是很严重，也可能感觉疼痛较明显；另外，患者的身体状况、基础疾病等也会影响对疼痛的感受和恢复情况，比如有糖尿病等基础疾病的患者，恢复相对可能较慢，疼痛持续时间可能更长。
对于肾结石碎石后疼痛的情况，患者应及时与医生沟通，医生会根据具体情况进行相应检查和处理，以缓解疼痛并促进康复。同时，患者要注意休息，适当增加饮水，促进结石排出，特殊人群如儿童等更要密切关注其疼痛情况及身体反应，及时调整处理方案。