牙龈下面长了两个肉疙瘩，可能是以下原因引起：
1.慢性根尖周炎：多由龋齿发展而来，可导致根尖部肉芽肿、根尖周脓肿，从而在牙龈上鼓起脓包。脓包溃破后会排出脓液，形成瘘管。需要进行根管治疗，清除根管内的感染物质，以促进恢复。
2.牙龈瘤：是牙龈上特别是龈乳头处局限生长的炎性反应性瘤样增生物，与内分泌、局部刺激等因素有关。通常表现为质地柔软、色暗红的肿物，易出血。较小的牙龈瘤可通过洁治、刮治等方法去除刺激因素，较大的牙龈瘤可能需要手术切除。
3.牙周脓肿：多由牙周炎发展而来，可导致牙周袋形成、牙槽骨吸收、牙龈红肿、牙周溢脓。在牙龈上可形成脓肿，表现为波动感明显的包块。需要进行牙周治疗，包括洁治、刮治、根面平整等，以控制炎症，促进恢复。
如果发现牙龈下面长了肉疙瘩，建议及时就医，进行详细的口腔检查和诊断，以便确定具体原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持口腔卫生，定期洗牙，避免食用辛辣、刺激性食物。