月经干净后第三天有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.排卵期出血：如果月经周期规律，在月经干净后14天左右出现褐色分泌物，持续2-3天，考虑是排卵期出血。这是由于排卵期雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血。出血量一般不多，持续时间不超过7天。
2.子宫内膜息肉：子宫内膜息肉是一种良性病变，可能会导致月经间期出血、经量增多、经期延长等症状。息肉通常是由于子宫内膜局部过度增生所致，可能与内分泌失调、炎症刺激等因素有关。
3.子宫肌瘤：黏膜下肌瘤或较大的肌壁间肌瘤，可能会导致子宫腔面积增大，子宫收缩不良，从而引起月经经期延长、经量增多。肌瘤还可能影响子宫内膜的正常修复，导致月经干净后出现褐色分泌物。
4.其他：子宫内膜炎、宫颈炎、宫内节育器等也可能导致类似症状。
对于偶尔出现的这种情况，可以先观察，注意个人卫生，保持外阴清洁。如果经常出现或伴有其他不适症状，如腹痛、性交出血等，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
在就医检查前，应避免自行使用药物治疗，以免掩盖病情或影响检查结果。同时，应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情舒畅。如果有性生活，应注意性生活卫生，避免感染。
需要注意的是，以上内容仅供参考。每个人的情况可能不同，具体原因需要医生根据个人病史、症状、检查结果等综合判断。如果对月经问题有疑虑，建议及时咨询医生，以便获得更专业的建议和治疗。