舌根连着喉咙处疼可能由多种原因引起，如咽喉炎、扁桃体炎等，具体用药需根据病因决定，常见药物有抗生素类、清热解毒类等，但需在医生指导下使用。
一、咽喉炎导致的舌根喉咙疼
咽喉炎引发该部位疼痛时，若为细菌感染引起，可考虑使用抗生素类药物，不过需先明确有细菌感染指征。一般来说，可选用青霉素类或头孢类抗生素，但具体要遵医嘱，因为不同个体情况不同。同时，也可配合使用一些清喉利咽的中成药，缓解疼痛等不适症状。
二、扁桃体炎引发的疼痛
若是扁桃体炎导致舌根连着喉咙处疼，同样先判断感染类型。细菌感染时可能需用抗生素，病毒感染则主要以对症治疗为主。比如可使用一些局部含漱液，帮助清洁口腔、减轻炎症，缓解疼痛。
三、疱疹性咽峡炎所致
由疱疹性咽峡炎引起时，多为病毒感染，一般进行对症处理。可以使用一些缓解疼痛的药物制剂，如含服具有局部麻醉止痛作用的药物，但要注意适用人群，儿童使用需谨慎，遵循儿科用药原则。同时要注意休息、多饮水，促进身体恢复。
四、其他原因如外伤等
若因外伤等原因导致该部位疼痛，首先要处理外伤情况。一般先进行局部的清洁、消毒等处理，若有感染迹象再考虑使用相应药物。对于儿童等特殊人群，更要小心处理，避免造成二次伤害或不当用药影响健康。