耳朵根部长疙瘩并伴有疼痛，可能是由以下原因引起的：
1.感染：细菌、病毒或真菌感染都可能导致耳部感染，从而引起疙瘩和疼痛。例如，外耳道炎、中耳炎等。
2.皮肤炎症：耳部皮肤感染、过敏或湿疹等炎症性皮肤病也可能导致疙瘩和疼痛。
3.皮脂腺囊肿：这是一种常见的皮肤囊肿，通常发生在皮脂腺丰富的部位，如耳朵根部。囊肿感染时会引起疼痛和红肿。
4.淋巴结肿大：耳部周围的淋巴结肿大可能是身体对感染或其他炎症的反应。
5.其他原因：耳部的损伤、肿瘤或自身免疫性疾病等也可能导致类似症状。
如果耳朵根部长疙瘩并伴有疼痛，建议采取以下措施：
1.保持耳部清洁：避免水进入耳道，不要频繁挖耳，以免加重感染。
2.观察症状：注意疙瘩的大小、形状、颜色和疼痛程度的变化。如果症状加重或持续不缓解，应及时就医。
3.就医诊断：医生会进行详细的耳部检查，可能包括听力测试、耳部影像学检查等，以确定疙瘩的原因。
4.治疗方法：根据病因，医生可能会开具抗生素、抗病毒药物、消炎药等治疗。如果是感染引起的，可能需要切开引流或进行其他治疗。在某些情况下，可能需要进一步的检查或治疗，如手术切除囊肿或治疗肿瘤。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，因此最好在医生的指导下进行诊断和治疗。此外，如果疼痛严重或伴有其他严重症状，如发热、听力下降、面瘫等，应立即就医。