阴茎皮肤下摸起来有小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.阴茎珍珠疹：这是一种常见的良性病变，通常发生在龟头边缘与冠状沟交界处，表现为珍珠状、白色、黄色或红色的小疙瘩，无明显症状，可能会长期存在。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。病变初期为单个或多个散在的淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，逐渐增多增大，可呈乳头状、菜花状或鸡冠状。疣体常发生糜烂、渗液，有恶臭。
3.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。皮损表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。
4.皮脂腺异位症：病因不明，可能与内分泌因素、局部刺激或创伤有关。表现为针头大小、孤立的、高出皮面的黄白色小疙瘩，无自觉症状。
5.鲍温样丘疹病：病因尚不清楚，可能与HPV感染有关。主要表现为多发的扁平丘疹，颜色为淡红色、褐色或黑色，直径2-10mm，表面可有糜烂、渗出或结痂。
6.阴茎癌：是起源于阴茎头、冠状沟和包皮内板黏膜以及阴茎皮肤的恶性肿瘤。早期表现为阴茎头或包皮内板处丘疹、疣或溃疡病变，逐渐增大，可伴有疼痛、出血和恶臭分泌物。
如果发现阴茎皮肤下有小疙瘩，应及时就医，进行详细的检查和诊断。医生会根据具体情况选择合适的治疗方法，如激光治疗、冷冻治疗、手术治疗等。同时，应注意个人卫生，保持阴茎清洁，避免搔抓和刺激，避免不洁性生活。
对于高危人群，如性伴侣较多、有不洁性生活史、免疫功能低下者等，应更加关注阴茎健康，定期进行检查，以便早发现、早治疗。如果小疙瘩持续不消失、增大、增多或出现其他异常症状，应及时就医。