肛门在大便时有肉凸出来，可能是以下原因引起：
1.内痔：内痔是肛门齿状线以上的痔静脉丛扩大曲张所形成的柔软静脉团，初期可无明显症状，随着病情进展，内痔逐渐增大，排便时可脱出肛门外，部分可自行回纳，部分需用手辅助回纳。内痔脱出时，常伴有便血，色鲜红，呈喷射状或点滴状。
2.外痔：外痔位于齿状线以下，是由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。外痔表面盖以皮肤，可以看见或摸到，不能送入肛内，不易出血，以疼痛和有异物感为主要症状。
3.混合痔：混合痔是内痔和外痔的混合体，兼具内痔和外痔的症状。其主要表现为内痔和外痔的症状同时存在，内痔和外痔在同一部位相互沟通融合，有时可出现环状脱出，呈梅花状，称为环状痔。
4.直肠息肉：直肠息肉是直肠黏膜表面突出的赘生物，通常较小，质软，可单发或多发，颜色鲜红，便后可脱出肛门外，可自行回纳或手助回纳，无明显疼痛。
5.肛乳头肥大：肛乳头肥大是一种良性肿瘤，常发生于肛门内，是由于肛乳头长期受到慢性炎症刺激而引起的。肛乳头肥大可随排便脱出肛门外，呈白色乳头状肿物，一般无明显症状，偶有肛门瘙痒、疼痛等不适。
6.直肠肿瘤：直肠肿瘤是发生在直肠的恶性肿瘤，早期可无明显症状，随着病情进展，可出现大便习惯改变、大便带血、腹痛、腹胀、消瘦等症状。直肠肿瘤脱出肛门外时，可呈菜花状，质地较硬，易出血，伴有恶臭。
如果出现肛门在大便时有肉凸出来的情况，建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。