生殖器疱疹主要通过临床表现、实验室检查来确诊，以下是具体的检查方法：
1.临床表现：生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）感染泌尿生殖器及肛周皮肤黏膜而引起的一种慢性、复发性、难治愈的性传播疾病。初次感染生殖器疱疹后，多表现为外生殖器或肛门周围有群簇或散在的小水疱，破溃后形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。男性同性恋者可出现肛门直肠HSV-2感染，其发病率仅次于淋球菌所致的肛门直肠炎。
2.实验室检查：
抗体检测：常用的有免疫荧光法和酶联免疫吸附试验，检测HSV特异性抗体，具有敏感性高、特异性强的优点。
核酸检测：通过PCR检测HSV的DNA，具有快速、特异的优点。
细胞学检查：从疱底或溃疡面刮取少量组织作涂片，Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，可检出HSV感染特征性的多核巨细胞和核内包涵体。
需要注意的是，生殖器疱疹的诊断需要结合临床表现和实验室检查结果综合判断。如果怀疑自己患有生殖器疱疹，应及时就医，进行相关检查，以便早发现、早治疗。