生殖器疱疹主要通过临床表现、实验室检查来确诊，以下是具体分析：
1.临床表现：生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）感染泌尿生殖器及肛周皮肤黏膜而引起的一种慢性、复发性、难治愈的性传播疾病。初次感染生殖器疱疹后，病毒会潜伏在骶神经节内，当机体抵抗力降低或某些激发因素如发热、受凉、感染、月经、胃肠功能紊乱、创伤等作用下，病毒可再次激活，通过直接接触或性接触传播，引起原发性生殖器疱疹。原发性生殖器疱疹消退后，残存的病毒经周围神经沿神经轴转移至骶神经节而长期潜伏下来，当机体抵抗力降低或某些激发因素如发热、受凉、感染、月经、胃肠功能紊乱、创伤等作用下，可使潜伏的病毒激活，病毒下行至皮肤黏膜表面引起复发，复发的部位通常在生殖器或肛门周围皮肤黏膜。生殖器疱疹的临床表现有以下几种：
原发性生殖器疱疹：潜伏期为2-10天，平均为6天。在外生殖器或肛门周围有群簇或散在的小水疱，破溃后形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。腹股沟淋巴结常肿大，有压痛。
复发性生殖器疱疹：通常在原发性生殖器疱疹皮损消退后1-4个月内复发，复发多发生在外生殖器或肛门周围，水疱数量少，破溃后形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。全身症状较轻。
2.实验室检查：
疱疹病毒培养：从皮损处取材做病毒培养，发现有单纯疱疹病毒生长，可确诊生殖器疱疹。
核酸检测：采用PCR等方法检测皮损处的单纯疱疹病毒DNA，可确诊生殖器疱疹。
血清学检查：检测单纯疱疹病毒的特异性抗体，如IgM、IgG等，可辅助诊断生殖器疱疹。
需要注意的是，生殖器疱疹的诊断需要结合临床表现和实验室检查结果综合判断。如果怀疑自己患有生殖器疱疹，应及时就医，进行相关检查，以便早发现、早治疗。此外，生殖器疱疹是一种性传播疾病，主要通过性接触传播，也可通过间接接触患者的皮损处而感染。因此，在日常生活中，应注意个人卫生，避免不洁性行为，以预防生殖器疱疹的发生。