怀孕3个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕3个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是间歇性的，不会伴有阴道流血等异常情况。
2.先兆流产：如果肚子隐隐作痛的同时，还伴有阴道流血、腰酸等症状，可能是先兆流产的表现。此时需要及时就医，进行保胎治疗。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，常见的部位是输卵管。宫外孕可能会导致肚子剧烈疼痛，并伴有阴道流血等症状，需要及时就医，否则可能会危及生命。
4.其他原因：怀孕3个月时，孕妇的身体可能会出现一些变化，如胃肠不适、韧带牵拉等，也可能会引起肚子隐隐作痛。此外，一些疾病，如胃炎、阑尾炎等，也可能会导致肚子疼痛。
如果怀孕3个月肚子隐隐作痛，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG等，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇要注意休息，避免剧烈运动和劳累，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用辛辣、刺激性食物。