三个月的婴儿进行体检时，主要检查以下几个方面：
1.身体检查：
体重：测量婴儿的体重，了解其生长发育情况。
身高：测量婴儿的身高，评估其身体的增长情况。
头围：测量婴儿的头围，以了解其头部的发育情况。
心肺听诊：检查婴儿的心肺功能，听心肺有无异常杂音。
腹部触诊：检查婴儿的腹部，了解腹部有无肿块等异常。
2.神经运动检查：
握持反射：检查婴儿的握持反射是否正常。
拥抱反射：检查婴儿的拥抱反射是否正常。
踏步反射：检查婴儿的踏步反射是否正常。
俯卧抬头：检查婴儿俯卧时能否抬头。
3.发育评估：
视觉：观察婴儿对红球、人脸等的注视情况。
听觉：观察婴儿对声音的反应情况。
语言：观察婴儿是否会笑、发声等。
社交行为：观察婴儿是否会与人互动、对周围环境感兴趣等。
4.其他检查：
血常规：检查婴儿的血液情况，了解是否有贫血等异常。
尿常规：检查婴儿的尿液情况，了解是否有感染等异常。
骨密度检查：了解婴儿的骨密度情况，预防佝偻病等骨骼疾病。
需要注意的是，具体的体检项目可能因地区、医院等因素而有所不同。在体检前，家长可以咨询医生，了解体检的具体分析和注意事项。