怀孕两个月有褐色分泌物，可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：由于胚胎发育不良、孕妇内分泌功能失调、免疫因素等原因，可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，色褐，常为暗红色或血性白带。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床发育，称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，胚胎发育不良，也可能导致阴道少量流血，色褐。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，因妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿，而形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄而得名。葡萄胎患者可出现停经后阴道流血，多为反复少量出血，色褐，可伴有水泡样组织排出。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，逐渐向外突出形成的赘生物，息肉质地脆弱，轻轻触动就会导致息肉出血，表现为阴道少量出血，色褐。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、前置胎盘、胎盘早剥等也可能导致怀孕两个月有褐色分泌物。
出现这种情况，需要及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG、孕酮等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。如果是先兆流产，需要卧床休息，给予黄体酮、维生素E等保胎治疗；如果是异位妊娠，需要及时终止妊娠；如果是葡萄胎，需要清宫治疗；如果是宫颈息肉，需要手术摘除息肉。
总之，怀孕两个月有褐色分泌物是一种异常情况，需要引起重视，及时就医，明确原因，采取相应的治疗措施，以保障孕妇和胎儿的健康。