怀孕两个月有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕两个月时，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。主要与胚胎发育不良、孕妇内分泌失调、子宫畸形、免疫因素等有关。此外，孕妇在孕期过度劳累、压力过大、性生活频繁等，也可能诱发先兆流产。如果出现阵发性下腹痛或腰背疼痛，伴有阴道少量流血，血色可为褐色，需要及时就医。医生一般会建议进行超声检查、血β-HCG及孕酮测定等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，应根据具体情况采取保胎治疗，如卧床休息、使用孕激素等。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，胚胎发育不良，随着胚胎的死亡，常会出现不规则阴道流血，血色可为褐色，常伴有下腹疼痛。需要及时就医，通过超声检查等明确诊断。一旦确诊，应尽早治疗，可选择药物治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，与妊娠相关。停经后阴道流血是葡萄胎的常见症状，多为暗褐色，出血量多少不定。还可能伴有子宫异常增大、变软，血清HCG水平异常升高等。通过超声检查等可明确诊断。一经确诊，应及时清宫。术后需定期复查血HCG水平，直至正常。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管腺体和间质的局限性增生，并向宫颈外口突出形成息肉。息肉质地脆弱，触之易出血，可表现为性生活或妇科检查后阴道流血，血色可为褐色。需要就医进行妇科检查等明确诊断。较小的息肉一般无需治疗，定期复查即可。较大的息肉通常需要进行手术摘除。
5.其他：阴道炎、宫颈炎等也可能导致怀孕两个月时出现褐色分泌物。此外，孕妇年龄较大、有不良孕产史等，也会增加发生先兆流产等不良妊娠结局的风险。
总之，怀孕两个月有褐色分泌物可能是正常的，也可能是异常情况的表现。如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时产检。