40天新生儿便秘可采取以下方法处理：
1.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈应注意饮食清淡，少吃辛辣、油腻食物；如果是配方奶喂养，可适当将奶液冲稀，并在两餐奶之间喂适量水。
2.腹部按摩：以宝宝的肚脐为中心，用手掌顺时针按摩宝宝的腹部，每天按摩3-5次，每次5-10分钟，以促进肠胃蠕动，帮助排便。
3.使用开塞露：如果宝宝便秘严重，可在医生的指导下使用开塞露，但不要经常使用，以免形成依赖性。
4.就医治疗：如果宝宝便秘持续时间较长或伴有其他症状，如腹胀、呕吐等，应及时就医，以排除先天性肠道畸形等疾病。
需要注意的是，在处理宝宝便秘问题时，应遵循医生的建议，不要自行给宝宝使用药物或偏方。同时，要密切观察宝宝的情况，如有异常应及时就医。