内膜薄可能由多种原因造成。其中，内分泌失调是常见因素之一，如雌激素水平过低等，会影响子宫内膜的正常生长。
手术损伤
人工流产等宫腔手术可能损伤子宫内膜基底层，导致内膜修复困难，进而使内膜变薄。此类情况在有多次宫腔手术史的人群中较为常见。
年龄因素
随着年龄增长，女性体内激素水平发生变化，卵巢功能逐渐衰退，子宫内膜的增殖能力下降，从而出现内膜变薄的情况，尤其在围绝经期女性中更为明显。
疾病影响
一些疾病也会导致内膜薄，例如子宫内膜炎，炎症会破坏子宫内膜的正常结构和功能，影响其厚度；宫腔粘连等疾病也会阻碍内膜的正常生长，致使内膜变薄。