先天性巨结肠和功能性便秘的区别主要在于病因、临床表现和治疗方法等方面。
先天性巨结肠是一种先天性肠道发育畸形，由于结肠缺乏神经节细胞，导致肠管持续痉挛，粪便淤滞于近端结肠，近端结肠肥厚、扩张。患儿多在出生后不久出现顽固型便秘，腹胀逐渐加重。此外，还可能伴有营养不良、发育迟缓等症状。先天性巨结肠的治疗方法主要是手术治疗，通过切除病变的肠段，恢复肠道的正常功能。
功能性便秘则是指由于生活习惯、饮食习惯、精神心理因素等引起的便秘，结肠并无器质性病变。患儿可能会出现排便困难、粪便干结、腹胀等症状，但一般不会有明显的营养不良和发育迟缓。功能性便秘的治疗方法主要包括调整饮食结构、增加运动量、养成良好的排便习惯等。对于症状较为严重的患儿，可能需要使用开塞露、灌肠等方法缓解症状。
总之，先天性巨结肠和功能性便秘虽然都属于便秘，但病因和治疗方法却有所不同。如果孩子出现便秘症状，家长应及时带孩子就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。