先天性巨结肠和便秘是两种不同的疾病，以下是它们的区别：
1.病因不同
先天性巨结肠：是一种先天性肠道发育畸形，由于结肠缺乏神经节细胞，导致肠管持续痉挛，粪便淤滞于近端结肠，近端结肠肥厚、扩张。
便秘：是多种原因引起的常见病症，主要是由于肠道蠕动减慢、粪便干结、排便习惯改变等导致。
2.症状不同
先天性巨结肠：主要表现为顽固性便秘，腹胀逐渐加重，腹壁紧张发亮，有静脉扩张，可见肠型及蠕动波，肠鸣音亢进，X线检查多显示不完全肠梗阻。此外，还可能伴有营养不良、发育迟缓等症状。
便秘：主要表现为排便次数减少、粪便干结、排便困难，可伴有腹痛、腹胀、食欲不振等症状。
3.治疗方法不同
先天性巨结肠：主要通过手术治疗，切除无神经节细胞的肠段，恢复肠道的正常功能。术后还需要进行扩肛、灌肠等治疗。
便秘：治疗方法包括调整饮食、增加运动量、养成良好的排便习惯、使用泻药、灌肠等。对于严重的便秘，可能需要手术治疗。
4.预后不同
先天性巨结肠：手术治疗后，大多数患儿的症状可以得到缓解，但部分患儿可能会出现复发或并发症。
便秘：经过适当的治疗，大多数患儿的便秘症状可以得到改善。
需要注意的是，先天性巨结肠和便秘在某些情况下可能会同时存在，或者便秘是先天性巨结肠的一个并发症。因此，如果出现便秘症状，尤其是儿童或长期便秘的患者，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因并采取相应的治疗措施。