流产后来月经时肚子疼，可能是以下原因引起：
1.宫腔粘连：
原因：人工流产等宫腔操作可能导致子宫内膜基底层受损，引起宫腔粘连。月经来潮时，宫腔粘连部位的纤维组织会引起子宫收缩，导致疼痛。
其他症状：还可能伴有月经量减少、月经颜色发黑等。
检查：通过超声、宫腔镜等检查可以明确诊断。
治疗：对于轻度的宫腔粘连，可以采用药物治疗，促进子宫内膜生长；如果粘连较为严重，可能需要手术治疗，分离粘连部位。
2.子宫内膜异位症：
原因：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位。月经期，异位的子宫内膜也会发生脱落、出血，但这些血液无法正常排出，积聚在盆腔内，刺激周围组织，引起疼痛。
其他症状：还可能伴有性交痛、痛经进行性加重等。
检查：通过腹腔镜检查、CA125检测等可以明确诊断。
治疗：治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。药物主要用于缓解症状，手术治疗则是去除异位的子宫内膜组织。
3.盆腔炎：
原因：流产后，如果不注意个人卫生，可能导致细菌上行感染，引起盆腔炎。炎症刺激会导致盆腔充血、水肿，从而引起腹痛。
其他症状：还可能伴有白带增多、发热、腰骶部酸痛等。
检查：通过妇科检查、超声检查等可以明确诊断。
治疗：主要是使用抗生素进行抗感染治疗，同时注意休息，保持外阴清洁。
4.其他：
流产后内分泌失调：流产可能会导致体内激素水平发生变化，引起内分泌失调，从而影响子宫的正常收缩，导致肚子疼。
心理因素：流产后，女性可能会出现焦虑、紧张等情绪，这些情绪可能会影响神经系统的功能，导致子宫收缩不协调，引起疼痛。
如果流产后月经时肚子疼的症状持续不缓解或伴有其他异常症状，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，流产后要注意休息，保持外阴清洁，避免过早性生活，以免引起感染。