肛门擦不干净的原因主要有以下几点：
1.肛肠疾病：（1）痔疮：内痔或混合痔通常会导致肛门部位的黏膜脱垂，（2）肛瘘：肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，会有瘘管和外口，（3）肛裂：肛管皮肤全层裂开所形成的小溃疡，可引起肛门疼痛、出血和瘙痒，导致擦拭不净。
2.肛管或直肠肿瘤：（1）肛管癌：早期症状不明显，随着病情发展，可出现肛门疼痛、瘙痒、出血、大便习惯改变等，（2）直肠癌：早期无明显症状，随着病情进展，可出现大便次数增多、大便带血、肛门坠胀、腹痛等，肿瘤表面溃破感染时，可出现脓血便、里急后重等。
3.其他：（1）肛门括约肌松弛：多因年老体弱、分娩损伤、外伤或手术等原因引起，（2）神经系统疾病：如脊髓损伤、马尾神经损伤等，可导致肛门括约肌功能障碍，（3）肛管炎：长期的炎症刺激可导致肛管皮肤弹性降低、脆性增加，容易擦破或撕裂，引起肛门擦不干净。
如果出现肛门擦不干净的情况，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。