宝宝连续两天发烧39°C可能是由多种原因引起的，以下是一些常见的原因：
1.感染：是导致儿童发热最常见的原因，如病毒、细菌、支原体等感染。
病毒感染：如呼吸道合胞病毒、流感病毒、副流感病毒等引起的感冒、流感等。
细菌感染：如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等引起的肺炎、中耳炎等。
支原体感染：如肺炎支原体引起的肺炎。
2.免疫系统问题：宝宝的免疫系统尚未完全发育成熟，有时可能会对自身的组织或细胞产生异常反应，导致发热。
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、幼年特发性关节炎等。
3.其他原因：
疫苗接种：接种某些疫苗后，宝宝可能会出现发热反应。
药物反应：某些药物可能会引起过敏反应，导致发热。
恶性肿瘤：某些恶性肿瘤也可能导致宝宝发热。
其他：如暑热症、川崎病等。
如果宝宝连续两天发烧39°C，建议家长采取以下措施：
1.观察宝宝的症状：除了发热外，还应注意观察宝宝是否有咳嗽、流鼻涕、腹泻、呕吐、皮疹等其他症状。
2.给宝宝多喝水：发热会导致宝宝体内水分流失，多喝水可以补充水分，防止脱水。
3.合理使用退烧药：如果宝宝体温超过38.5°C，可以使用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。但要注意按照药品说明书的剂量使用，不要超量服用。
4.保持宝宝的舒适：给宝宝穿着宽松、舒适的衣服，保持室内空气流通，避免过度包裹。
5.及时就医：如果宝宝的症状持续不缓解或出现其他异常情况，如呼吸急促、精神萎靡、抽搐等，应及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，如果家长对宝宝的病情有任何疑问或担忧，应及时咨询医生的意见。同时，家长应密切观察宝宝的病情变化，如有需要，应及时就医。