肚脐眼发臭可能是由以下原因引起的：
1.脐炎：脐部凹陷处极易积水、积污，潮湿温暖的环境又给细菌的生长繁殖提供了机会。脐炎轻者表现为局部有脓性分泌物，有臭味；脐周皮肤红肿；患儿发烧。重者形成脓肿，脓肿破溃后可形成慢性脐炎。
2.脐尿管瘘：脐尿管未完全闭合，脐部有管道与膀胱相通，尿液可从脐部排出，长期刺激脐部会出现分泌物及臭味。
3.脐茸：脐带脱落后，创面有红色、表面光滑湿润的息肉样增生物，很像一小段脐带，有少量分泌物，有臭味。
4.其他：如脐肿瘤、脐尿管残留等也可导致肚脐眼发臭。
如果肚脐眼发臭，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持脐部清洁干燥，避免搔抓和刺激。