一、指导个体化治疗方案制定
乳腺癌基因检测可帮助明确患者的基因特征，从而指导个体化治疗。例如，人类表皮生长因子受体2（HER2）基因检测是重要内容，若检测显示HER2过表达，患者可考虑使用曲妥珠单抗等靶向药物进行治疗，此类靶向治疗能针对性作用于癌细胞，提高治疗效果并减少对正常细胞的损伤，众多临床研究已证实HER2靶向治疗可显著改善患者预后；再如乳腺癌易感基因1（BRCA1）和乳腺癌易感基因2（BRCA2）检测，若患者携带BRCA1/2突变，医生可考虑为其选择聚腺苷二磷酸核糖聚合酶（PARP）抑制剂等相关靶向药物，这类药物通过针对突变基因相关的信号通路发挥作用，为携带特定基因变异的患者提供了更精准的治疗选择，相关研究表明携带BRCA突变的乳腺癌患者使用PARP抑制剂能延长无进展生存期等。
二、评估家族遗传风险
通过乳腺癌基因检测能够评估家族成员的遗传风险。例如，若家族中有乳腺癌患者且检测发现存在BRCA1/2等相关基因的致病性突变，那么家族其他成员携带该突变基因的概率会显著升高，这些家族成员需要加强乳腺癌的监测频率，如增加乳腺超声、乳腺X线摄影等检查的频次，以便早期发现可能出现的病变。同时，对于有基因遗传风险的家族成员，还可根据基因检测结果进行个性化的预防措施制定，如高风险女性可在医生评估后考虑采取药物预防（如他莫昔芬等，但需基于基因检测及个体情况）或更密切的健康管理等，大量家族性乳腺癌的流行病学研究和基因分析已明确了基因遗传在家族乳腺癌发病中的重要作用。
三、辅助预后判断
部分基因标志物可用于辅助预后判断。例如，Ki-67基因表达水平与乳腺癌预后相关，Ki-67高表达通常提示肿瘤细胞增殖活跃，患者预后相对较差；而雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）基因状态也与预后有关，ER或PR阳性的乳腺癌患者对内分泌治疗敏感，预后相对较好，通过基因检测明确这些基因状态，医生能更好地预估患者的病情发展和生存预后，临床实践中基于大量病例的追踪和基因检测数据分析已确立了这些基因指标对预后判断的价值。
四、助力早期筛查策略调整
对于基因检测提示有较高乳腺癌发病风险的人群，基因检测结果可助力调整早期筛查策略。比如，携带BRCA1/2突变的女性，由于其发病风险高于普通人群，需要比普通人群更早开始进行乳腺癌筛查，筛查起始年龄可能提前至25岁左右，且筛查频率可能增加，如除了常规的乳腺X线摄影外，还可结合乳腺磁共振成像（MRI）等更敏感的检查手段，以便在病变早期发现，提高治愈率，相关的高危人群筛查指南已将基因检测结果纳入早期筛查策略制定的参考依据中。