治疗乙肝的药物主要有核苷（酸）类似物和干扰素类。目前临床常用的核苷（酸）类似物包括恩替卡韦、替诺福韦酯等，一般长期服用，能抑制乙肝病毒复制，延缓病情进展。例如恩替卡韦，可强效抑制乙肝病毒，部分患者长期服用能改善肝功能。
核苷（酸）类似物类药物
恩替卡韦： 属于鸟嘌呤核苷类似物，能抑制乙肝病毒多聚酶，阻断病毒复制过程。它对乙肝病毒的抑制作用较强，耐药发生率相对较低，但需要长期服用，不能随意停药。替诺福韦酯： 可以通过抑制乙肝病毒反转录酶，来达到抑制病毒复制的目的。它的抗病毒效果较好，对初治患者疗效显著，而且对拉米夫定耐药等情况也有较好的疗效。
干扰素类药物
普通干扰素： 分为α-1b、α-2b等亚型。它可以激活免疫系统，让机体的免疫细胞发挥作用来清除乙肝病毒。一般需要每周注射几次，疗程相对固定，部分患者使用后可能会出现发热、乏力等流感样症状，但有一定的停药后持续应答率。聚乙二醇干扰素： 是普通干扰素的长效制剂，每周注射一次即可。它的抗病毒活性更强，疗效相对更持久，不过副作用与普通干扰素类似，但总体耐受性相对较好一些。
其他抗病毒药物
丙酚替诺福韦： 是替诺福韦的前体药物，相比替诺福韦酯，它的血浆稳定性更好，能够更有效地传递到肝细胞，在较低剂量下就可以达到相似的抗病毒疗效，而且对肾脏和骨骼的安全性相对更高一些。替比夫定： 也是核苷（酸）类似物的一种，能抑制乙肝病毒DNA合成，但其耐药率相对恩替卡韦等稍高，不过对乙肝e抗原阳性的患者有一定的疗效，用药期间需要密切监测病毒学指标和肝功能等。