生殖器流脓、小便刺痛可能是感染引起的，也可能是其他疾病导致，需要及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。以下是一些可能的原因和建议：
1.尿道炎：由细菌感染引起，除了生殖器流脓、小便刺痛外，还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。治疗方法包括使用抗生素，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星等。同时，要注意多喝水，多排尿，有助于缓解症状和促进恢复。
2.龟头炎：龟头和包皮内板的炎症，可由感染、外伤、刺激等引起。表现为龟头红斑、肿胀、疼痛、糜烂、脓性分泌物等。治疗方法根据病因和病情轻重而定，一般包括局部清洁、外用药物（如红霉素软膏、克霉唑乳膏等）、口服药物（如头孢克洛、左氧氟沙星等）等。如果病情严重，可能需要手术治疗。
3.前列腺炎：前列腺的炎症，可由细菌感染、免疫因素、盆底神经肌肉活动异常等引起。表现为尿频、尿急、尿痛、尿不尽、尿后滴沥、会阴区疼痛、睾丸痛等。治疗方法包括使用抗生素（如左氧氟沙星、阿奇霉素等）、α受体阻滞剂（如特拉唑嗪、坦索罗辛等）、非甾体抗炎镇痛药（如塞来昔布、布洛芬等）等。此外，还可以采用前列腺按摩、生物反馈治疗、热疗等物理方法。
4.淋病：由淋病奈瑟菌感染引起的泌尿生殖系统化脓性炎症，主要通过性接触传播。表现为尿道口红肿、发痒、刺痛，有稀薄黏液流出，随后出现尿频、尿急、尿痛等症状。治疗方法是使用头孢曲松、大观霉素等抗生素。同时，性伴侣也需要同时接受检查和治疗，治疗期间应避免性生活。
5.其他：生殖器流脓、小便刺痛还可能是其他疾病的表现，如梅毒、尖锐湿疣、生殖器疱疹等性传播疾病，或者泌尿系统结石、肿瘤等非感染性疾病。因此，如果出现这些症状，应及时就医，进行相关检查，如尿常规、尿培养、分泌物涂片和培养、尿道镜、前列腺液常规、B超等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，在治疗过程中，应遵循医生的建议，按时服药、复诊，注意个人卫生，保持局部清洁，避免不洁性生活，多喝水，多吃蔬菜水果，少吃辛辣刺激性食物。同时，如果有其他不适或疑问，应及时与医生沟通。