细菌和病毒是两类不同的微生物，在大小上就有明显区别，细菌个体一般较大，通常用微米来衡量，比如大肠杆菌大约2微米左右；而病毒非常微小，多数病毒直径处于10~300纳米之间。
形态结构方面
细菌的形态多样：有球状、杆状、螺旋状等。细菌具有细胞结构，有细胞壁、细胞膜、细胞质等，有些细菌还有特殊结构，比如芽孢等。例如金黄色葡萄球菌呈球状，大肠杆菌是杆状。病毒的形态相对单一且简单：病毒没有细胞结构，一般由蛋白质外壳和内部的遗传物质组成。形态常见的有球状（如流感病毒）、杆状（如烟草花叶病毒）、蝌蚪状（如噬菌体）等。
生存方式与繁殖特点
细菌的生存方式较多样：细菌可以独立生存，有的细菌是自养型，能自己利用光能或化学能合成有机物，像硝化细菌；有的是异养型，依靠分解现成的有机物获取营养。细菌主要通过二分裂的方式繁殖，也就是一个细菌细胞分裂成两个基本相同的子代细胞，在适宜条件下，繁殖速度较快，比如大肠杆菌在合适环境中20分钟左右就能繁殖一代。病毒的生存完全依赖宿主细胞：病毒自己不能独立进行新陈代谢，必须寄生在其他生物的活细胞内。病毒进入宿主细胞后，利用宿主细胞内的物质和能量，以自己的遗传物质为模板，进行复制繁殖。例如流感病毒侵入人体呼吸道上皮细胞后，利用细胞内的物质合成自身的蛋白质和遗传物质，然后组装成新的病毒颗粒释放出去。
对人体影响及应对措施
细菌感染引发的疾病及应对：细菌感染人体后会引起各种疾病，比如肺炎链球菌可导致肺炎，患者会出现发热、咳嗽、咳痰等症状。此时可以使用抗生素来治疗细菌感染，不过要注意合理使用抗生素，避免滥用导致细菌耐药性产生。病毒感染引发的疾病及应对：病毒感染人体也会造成多种疾病，像流感病毒引起流行性感冒，患者有发热、头痛、乏力等表现。目前对于病毒感染，多数时候没有特效的抗病毒药物，主要是进行对症支持治疗，比如流感患者发热时可以用退烧药降温，同时要注意休息、多喝水等。而且病毒感染后人体产生的免疫力相对细菌感染可能更具特异性，但有些病毒容易反复感染，比如感冒病毒。