上下运动神经元在解剖和功能上有明显区别。上运动神经元主要起调控下运动神经元的作用，下运动神经元直接支配肌肉运动。
解剖部位差异
上运动神经元位于大脑皮质运动区，其轴突组成锥体束；下运动神经元包括脊髓前角细胞和脑神经运动核及其轴突，脊髓前角细胞轴突经前根、神经丛、周围神经到达肌肉。
功能作用不同
上运动神经元对下运动神经元有抑制或兴奋的调控作用，维持随意运动的协调性等；下运动神经元直接接受上运动神经元传来的冲动，进而支配肌肉收缩，完成具体运动动作。
损伤表现有别
上运动神经元损伤时，表现为痉挛性瘫痪，肌张力增高，腱反射亢进，出现病理反射等；下运动神经元损伤时，呈现弛缓性瘫痪，肌张力降低，腱反射减弱或消失，肌肉萎缩明显。
疾病关联情况
上运动神经元相关疾病常见于脑血管病等，如脑出血、脑梗死累及皮质脊髓束等；下运动神经元相关疾病多如脊髓灰质炎，病毒侵袭脊髓前角细胞导致相应肌肉功能障碍。
特殊人群方面，儿童若出现上下运动神经元相关问题，表现可能更需关注，因为儿童神经系统尚在发育中，疾病影响可能更具特殊性，成人则需结合自身生活方式等因素，比如长期不良生活方式可能增加脑血管病致上运动神经元损伤风险，而外伤等可能累及下运动神经元。