甲状腺疾病的引发原因较为多样，比如自身免疫因素，像自身免疫性甲状腺炎，约有5% - 10%的人群可能会因为自身免疫紊乱而患上这类甲状腺疾病。遗传因素也是其中之一，如果家族中有甲状腺疾病患者，那么亲属患甲状腺疾病的风险会比常人高一些。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 当人体自身免疫系统出现异常时，会错误地攻击甲状腺组织。例如慢性淋巴细胞性甲状腺炎，就是自身免疫反应导致甲状腺滤泡细胞受损，进而影响甲状腺功能。有研究发现，自身免疫性甲状腺炎在女性中的发病率相对较高，尤其是30 - 50岁的女性。Graves病： 这也是自身免疫性疾病的一种，患者体内会产生促甲状腺激素受体抗体，这种抗体能刺激甲状腺细胞过度增生和分泌甲状腺激素，导致甲状腺功能亢进，约80% - 90%的Graves病患者存在自身免疫异常情况。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 甲状腺疾病具有一定的遗传易感性，如果父母一方患有甲状腺疾病，子女患甲状腺疾病的概率会比没有家族史的人高。比如甲状腺癌就有一定的遗传倾向，某些基因突变可能会遗传给下一代，增加患甲状腺癌的风险。有数据显示，约5% - 10%的甲状腺癌与遗传因素密切相关。特定基因关联： 一些特定的基因与甲状腺疾病的发生有关联。比如与甲状腺激素合成相关的基因发生突变，可能会影响甲状腺激素的正常合成，从而引发甲状腺功能减退等疾病。目前已经发现多个基因与甲状腺疾病的发病存在关联，但具体的遗传模式较为复杂。
环境因素相关
辐射暴露： 长期接受辐射照射，比如儿童时期颈部接受过X线等辐射治疗，会增加患甲状腺疾病的风险。有研究表明，儿童期颈部辐射暴露后，10 - 30年后患甲状腺癌的概率明显升高。像日本广岛、长崎原子弹爆炸后的幸存者中，甲状腺癌的发病率就有所增加。碘摄入异常： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入过多或过少都可能引发甲状腺疾病。碘摄入过多可能导致甲状腺功能亢进，例如一些沿海地区居民长期大量食用含碘丰富的食物，就可能增加患Graves病的风险；而碘摄入过少则可能引起甲状腺肿，在一些碘缺乏地区，地方性甲状腺肿的发病率较高，约占当地人群的5%左右。