遗传因素
部分甲状腺疾病具有遗传倾向，如先天性甲状腺发育异常、某些甲状腺功能亢进症（Graves病）等。如果家族中有甲状腺疾病患者，亲属患甲状腺疾病的风险可能会增加。例如，Graves病有一定的遗传易感性，研究表明，在同卵双生子中，一方患Graves病，另一方患病的概率可高达30%-60%。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎：自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺炎症。例如，桥本甲状腺炎就是一种常见的自身免疫性甲状腺炎，机体产生针对甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等自身抗体，这些抗体持续攻击甲状腺细胞，引起甲状腺组织的破坏，逐渐导致甲状腺功能减退等问题。在自身免疫性甲状腺炎患者中，自身抗体的存在是关键的致病因素，约90%的桥本甲状腺炎患者血清中可检测到TPOAb和TgAb升高。
环境因素
辐射暴露：
-儿童时期的辐射：儿童时期头颈部接受过辐射照射，如因其他疾病进行颈部放疗等，会显著增加甲状腺疾病的发病风险，尤其是甲状腺癌的发病风险。研究发现，儿童期颈部辐射暴露后，甲状腺癌的发病风险比无辐射暴露人群高约5倍。
-职业性辐射：某些职业长期接触辐射，如核电站工作人员、放射科医护人员等，甲状腺疾病的发生率相对较高。
碘摄入异常：
-碘缺乏：碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘缺乏会导致甲状腺激素合成不足，引起甲状腺代偿性增生肿大，即地方性甲状腺肿。在一些碘缺乏地区，地方性甲状腺肿的发病率较高，如我国过去一些内陆山区、高原地区等。
-碘过量：长期摄入过量的碘也会引发甲状腺疾病，例如碘致甲状腺功能亢进症。过量的碘会干扰甲状腺激素的正常合成和代谢，导致甲状腺功能紊乱。在沿海地区，由于海产品丰富，碘摄入较多，部分人群可能存在碘过量的情况，从而增加患甲状腺疾病的风险。
内分泌失调
女性在一些特殊生理时期，如青春期、妊娠期、哺乳期等，体内内分泌环境会发生较大变化，容易出现甲状腺相关问题。例如，妊娠期女性由于胎盘分泌的人绒毛膜促性腺激素（hCG）具有类似促甲状腺激素（TSH）的作用，可能会导致甲状腺激素水平的波动，部分女性在妊娠期会出现妊娠期甲状腺功能异常，如妊娠期甲状腺功能减退或妊娠期甲状腺毒症等。青春期女性由于身体处于生长发育阶段，内分泌系统不稳定，也可能出现甲状腺相关的生理变化，增加甲状腺疾病的发病几率。
其他因素
感染因素：某些病毒感染可能与甲状腺疾病的发生有关。例如，亚急性甲状腺炎常与病毒感染有关，如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒等感染后，可引起甲状腺组织的炎症反应，导致甲状腺疼痛、肿大等症状。一般在病毒感染后1-3周出现甲状腺局部的炎症表现，患者血清中可检测到相关病毒的抗体。