一、对神经系统的影响
生理期女性体内雌激素与孕激素水平波动，神经系统敏感性升高。咖啡中的咖啡因可兴奋中枢神经系统，加重焦虑、紧张情绪，部分女性可能出现情绪波动加剧的情况；同时，咖啡因的兴奋作用还可能干扰睡眠，导致入睡困难或睡眠质量下降，而生理期睡眠不足可能进一步影响身体恢复及日常状态。
二、对心血管系统的影响
咖啡因具有兴奋心脏的作用，可使心率加快、血压升高。生理期女性身体处于相对特殊状态，心血管系统敏感性增强，此时饮用咖啡可能加重心悸、头晕等不适症状，对于本身有高血压倾向或心血管基础疾病的女性，更需谨慎，以防引发心血管系统的过度应激反应。
三、对消化系统的影响
咖啡中的咖啡因会刺激胃酸分泌，生理期女性胃肠功能可能相对较弱，过量饮用咖啡易引发胃痛、反酸、恶心等消化系统不适，长期如此可能影响胃肠黏膜的正常状态，增加胃肠道疾病的发生风险。
四、对铁吸收的影响
咖啡中的多酚类物质会抑制铁的吸收，生理期女性因月经失血会导致铁流失增加，本就需要充足的铁摄入来补充身体损耗，若此时大量饮用咖啡，会进一步阻碍铁的吸收，可能引发缺铁性贫血，出现乏力、面色苍白等症状，尤其对于月经量较多的女性影响更为显著。
特殊人群注意事项
有基础疾病者：本身患有焦虑症、高血压、胃溃疡等疾病的女性，生理期饮用咖啡可能加重原有病情。例如，高血压女性饮用咖啡后血压波动风险增加；胃溃疡女性胃酸分泌进一步增多可能加重胃黏膜损伤。
年轻女性：处于生长发育阶段或长期大量饮用咖啡的年轻女性，需警惕咖啡因对内分泌及健康的潜在长期影响，建议适量饮用或选择低咖啡因饮品。