生殖器勃起时疼痛可能与以下原因有关：
1.阴茎硬结症：
是一种发生在阴茎海绵体的疾病，可能与遗传、损伤、感染等因素有关。
主要表现为阴茎勃起时疼痛、弯曲畸形，严重时可能影响性生活。
2.前列腺炎：
前列腺位于阴茎根部的深部，前列腺发生炎症时，可刺激阴茎勃起时疼痛。
还可能伴有尿频、尿急、尿痛、尿不尽等症状。
3.尿道炎：
尿道与阴茎相邻，尿道炎时炎症可刺激阴茎勃起时疼痛。
还可能伴有尿道口红肿、分泌物增多等症状。
4.包茎或包皮过长：
包茎或包皮过长时，龟头不能外露，勃起后龟头受到刺激，可能引起疼痛。
还可能伴有包皮龟头炎、包皮口狭窄等并发症。
5.其他：
生殖器外伤、阴茎血管病变、神经病变等也可能导致勃起时疼痛。
如果出现生殖器勃起时疼痛，建议及时就医，进行相关检查，如前列腺液常规、尿道分泌物涂片、阴茎超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持生殖器的清洁卫生，避免过度劳累和性生活过度。对于包茎或包皮过长的患者，应及时行包皮环切术。