核磁共振本身一般没有明确危害，但在某些情况下可能存在一些需要注意的方面。目前并没有科学依据表明核磁共振会对人体造成普遍的、严重的危害。
检查环境相关情况
强磁场影响： 核磁共振仪有强大的磁场，不过正常情况下，金属物品不能带入检查室，因为强磁场可能会吸引金属物品并造成危险。比如如果患者身上有心脏起搏器等金属植入物，就不能进行核磁共振检查，因为强磁场可能干扰起搏器的正常工作。噪声问题： 检查时会产生较大的噪声，一般在80 - 100分贝左右，不过检查时会给受检者佩戴耳塞等防护装置来降低噪声影响，通常这种噪声暴露时间较短，一般不会对听力造成长期损害，但如果长时间处于高分贝环境可能有风险，而核磁共振检查时间相对较短，这种噪声影响可控制。
对比剂相关情况
钆对比剂： 对于少数需要注射钆对比剂的情况，极少数人可能会出现过敏反应，发生率约为1% - 3%左右，但大多数是轻微反应，如皮肤瘙痒、皮疹等，严重过敏反应非常罕见。不过对于肾功能严重不全的患者，使用钆对比剂可能会增加发生肾源性系统纤维化的风险，这类患者需要格外谨慎评估是否使用。
特殊人群情况
孕妇： 一般来说，妊娠3个月内的孕妇应避免进行核磁共振检查，但如果是病情需要，在充分评估利弊后，也可以在严密监护下进行。因为虽然目前没有确凿证据表明普通的核磁共振检查会对胎儿造成明确伤害，但为了谨慎起见，早期妊娠时需谨慎对待。幽闭恐惧症患者： 部分患者可能对核磁共振检查的密闭空间产生恐惧，表现出心慌、呼吸急促等症状。对于这类患者，可以考虑使用镇静药物来缓解焦虑情绪，使其能够配合检查，但使用镇静药物也有一定的风险，需要医生评估后才能决定。