按甲类管理的乙类传染病主要有两种，分别是传染性非典型肺炎、炭疽中的肺炭疽。
传染性非典型肺炎
传染性非典型肺炎是一种由SARS冠状病毒引起的急性呼吸道传染病。其主要通过短距离飞沫、接触患者呼吸道分泌物及密切接触传播。临床上以发热、乏力、头痛、肌肉酸痛等全身症状和干咳、胸闷、呼吸困难等呼吸道症状为主要表现，严重者可出现急性呼吸窘迫综合征。
炭疽中的肺炭疽
肺炭疽是由炭疽芽孢杆菌引起的一种严重的人畜共患传染病。肺炭疽通常是由于吸入了炭疽芽孢杆菌的芽孢而感染。患者起病急，早期有类似感冒的症状，如低热、咳嗽、咳痰等，随着病情进展，会出现高热、呼吸急促、呼吸困难、发绀等严重的呼吸道症状，病情进展迅速，如不及时治疗，病死率较高。此外，2020年1月20日，国家卫生健康委员会发布公告，将新型冠状病毒感染的肺炎纳入《中华人民共和国传染病防治法》规定的乙类传染病，并采取甲类传染病的预防、控制措施。新型冠状病毒感染的肺炎主要通过飞沫传播和接触传播，人群普遍易感。感染后患者主要表现为发热、乏力、干咳等，部分患者病情会快速进展，出现呼吸困难等严重表现。