三九感冒灵颗粒和复方三九的主要区别在于成分和功效上。三九感冒灵颗粒主要成分有三叉苦、岗梅、金盏银盘、薄荷油、野菊花、马来酸氯苯那敏、咖啡因、对乙酰氨基酚。辅料为蔗糖粉，主要用于治疗感冒引起的头痛，发热，鼻塞，流涕，咽痛等症状。而复方三九感冒灵颗粒的主要成分有三叉苦、岗梅、金盏银盘、薄荷油、野菊花、咖啡因、对乙酰氨基酚、马来酸氯苯那敏、生姜。辅料为蔗糖。在功效上，两者也有一些差异。复方三九感冒灵颗粒除了能治疗感冒引起的发热、头痛、鼻塞、流涕、咽痛等症状外，还能起到一定的抗病毒作用，对于风热感冒的效果会更好一些。
需要注意的是，在使用任何药物之前，都应该仔细阅读药品说明书，并在医生或药师的指导下使用。同时，应该注意休息，多喝水，避免劳累和过度用眼，保持室内空气流通。