先天性胆总管囊肿的治疗方法主要有以下两种：
1.囊肿切除肝管空肠Roux-Y吻合术：这是先天性胆总管囊肿的首选治疗方法。通过手术切除胆总管囊肿，然后将胆管与空肠进行吻合，使胆汁能够正常排泄。
2.囊肿十二指肠吻合术：这种方法适用于胆总管囊肿较小、肝内胆管扩张不明显的患儿。通过将胆总管囊肿与十二指肠进行吻合，使胆汁能够直接流入肠道。
先天性胆总管囊肿是一种先天性疾病，由于胆总管先天性发育异常，导致胆总管扩张和囊状扩张。其主要病因是胚胎时期胆管发育过程中出现障碍，导致胆管腔未能完全闭合或闭锁不全，从而形成胆总管囊肿。
如果不及时治疗，先天性胆总管囊肿可能会导致胆汁淤积、胆道感染、肝硬化等并发症，严重影响患儿的健康和生长发育。因此，一旦确诊为先天性胆总管囊肿，应及时进行手术治疗。