多囊卵巢综合征病因尚不明确，可能与遗传因素有关，若家族中有亲属患此病，个体患病风险可能增加；也与内分泌失调相关，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常，导致雄激素过多、排卵异常等。
遗传因素影响
遗传因素在多囊卵巢综合征发病中起重要作用，研究发现某些基因变异可能使个体易患该病，若家族中母亲或姐妹患有多囊卵巢综合征，自身患病几率相对较高。
内分泌失调机制
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能紊乱，致使垂体分泌的促黄体生成素（LH）与促卵泡生成素（FSH）比例失调，LH 升高，FSH 相对不足，进而引起卵巢雄激素分泌增加，出现排卵障碍等表现。
生活方式关联
长期不健康的生活方式也可能诱发多囊卵巢综合征，比如长期高热量饮食、缺乏运动导致肥胖，肥胖会进一步影响内分泌，加重病情；长期精神压力过大也可能干扰内分泌系统，增加患病风险。
环境因素作用
环境中的一些化学物质等可能对内分泌系统产生干扰，影响激素平衡，从而增加多囊卵巢综合征的发病可能性，但具体机制仍在进一步研究中。