多囊卵巢综合征的病因目前还不完全明确，一般认为是遗传因素和环境因素相互作用所致。有研究显示，约60% - 70%的患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性成员患病的风险会增加。比如母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的几率比正常人群要高很多。遗传因素可能通过影响内分泌调节相关的基因，使得个体更容易出现内分泌紊乱的情况。基因变异影响： 一些特定的基因变异与多囊卵巢综合征的发生有关。例如，与胰岛素抵抗、雄激素合成相关的基因发生变异时，就可能干扰正常的激素代谢和内分泌平衡，从而增加患多囊卵巢综合征的可能性。
环境因素方面
生活方式影响： 长期的高热量饮食、缺乏运动等不良生活方式是重要的诱因。比如长期摄入高糖、高脂肪的食物，会导致体重增加，而肥胖又是多囊卵巢综合征的常见伴随状况，肥胖会进一步影响胰岛素的敏感性，使得身体内分泌调节紊乱，促进雄激素分泌增加等，进而引发多囊卵巢综合征相关的一系列症状。精神压力因素： 长期处于高压力状态下也可能影响多囊卵巢综合征的发生。精神压力过大时，会通过神经 - 内分泌系统影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，导致激素分泌失衡，使得卵巢排卵异常等，增加患病风险。例如一些长期面临工作、生活双重压力的女性，更容易出现月经不调、痤疮等多囊卵巢综合征的表现。外界环境化学物质： 长期接触一些环境中的化学物质，也可能对内分泌系统产生干扰。比如某些塑料制品中含有的邻苯二甲酸酯等化学物质，可能会模拟雌激素的作用，干扰体内正常的激素调节，从而增加患多囊卵巢综合征的几率。不过这类环境因素相对遗传因素来说，影响程度可能相对次要，但也是需要关注的方面。