乙肝难以治愈主要与乙肝病毒的特性有关。乙肝病毒有独特的生活周期，会整合到宿主肝细胞基因组中，这增加了清除病毒的难度。
病毒存在形式特殊
乙肝病毒存在共价闭合环状DNA（cccDNA）形式，它能持续存在于肝细胞内，常规药物较难彻底清除这种形式的病毒。
感染人群个体差异
不同感染者的免疫状态不同，免疫功能正常的人，机体免疫反应可能难以完全有效清除病毒；而免疫功能低下者，对病毒的清除能力更弱，导致乙肝难以根治。
病毒易变异
乙肝病毒容易发生变异，这可能使病毒逃避机体免疫系统的识别以及药物的作用，从而影响治疗效果，导致乙肝难以治愈。
慢性化倾向
乙肝感染后易转为慢性，慢性乙肝患者的肝脏长期处于炎症状态，肝脏组织不断受到损伤和修复，这一过程不利于病毒的彻底清除，使得乙肝难以治愈。