乙肝之所以较难彻底治愈，主要是因为乙肝病毒有独特的存在方式。乙肝病毒会整合到宿主肝细胞的基因组中，这使得药物难以完全清除病毒。而且乙肝病毒持续存在会引发机体的免疫反应，不断损伤肝脏。
病毒的存在特性
病毒会整合到肝细胞基因组：乙肝病毒的DNA能整合进人体肝细胞的染色体中，这样一来，病毒就仿佛“藏”在了宿主细胞内部，常规的药物很难精准地将其从基因组中分离出来并清除掉。病毒持续引发免疫损伤：乙肝病毒在肝细胞内持续存在，会不断刺激机体的免疫系统，免疫系统会攻击被病毒感染的肝细胞，长期的免疫损伤会导致肝脏反复发炎、纤维化，进而影响肝脏的正常功能。
治疗的难点所在
现有药物难以完全清除病毒：目前的抗病毒药物主要是抑制乙肝病毒的复制，比如恩替卡韦等药物能抑制病毒的逆转录过程，从而减少病毒的生成，但很难彻底将整合到基因组中的病毒完全清除掉。治疗周期长且需要长期监测：乙肝的治疗往往需要较长的周期，患者需要长期服用抗病毒药物，而且在治疗过程中需要定期监测乙肝病毒DNA载量、肝功能等指标，治疗过程较为复杂，很多患者难以长期坚持规范治疗。
个体差异的影响
不同患者免疫状态不同：每个乙肝患者的免疫状态不一样，有的患者免疫系统对乙肝病毒的清除能力较强，有的则较弱。免疫状态较弱的患者，病毒更容易持续存在，治疗效果相对较差。病毒变异的问题：部分乙肝患者在长期治疗过程中，乙肝病毒可能会发生变异，一旦病毒变异，现有的抗病毒药物可能就对变异后的病毒不再敏感，从而影响治疗效果，使得乙肝更难彻底治愈。