孕酮降低的原因有多种。女性在怀孕早期，约有15%左右的人会出现孕酮降低的情况，这可能与胚胎发育异常等因素相关。
黄体功能不全：
黄体是卵巢排卵后形成的结构，它能分泌孕酮。如果黄体功能不全，就会导致孕酮分泌量减少。比如一些内分泌失调的女性，自身黄体生成素分泌不足，使得黄体发育不良，从而引起孕酮降低。另外，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能紊乱，也会影响黄体功能，进而导致孕酮水平下降。
内分泌疾病影响：
像甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会影响到下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的正常功能，使得孕酮的合成和分泌受到阻碍。还有肾上腺皮质功能亢进等疾病，也可能干扰体内激素的平衡，导致孕酮降低。例如肾上腺皮质功能亢进时，过多的皮质激素会抑制相关内分泌环节，致使孕酮生成减少。
其他因素：
不良的生活方式也可能导致孕酮降低，长期熬夜、过度劳累会影响内分泌系统的正常运作，从而影响孕酮的分泌。另外，一些全身性的疾病，如严重的糖尿病等，也可能通过影响身体的代谢和内分泌功能，间接引起孕酮水平下降。比如糖尿病患者如果血糖控制不佳，身体的内环境紊乱，就可能出现孕酮降低的情况。