凌晨咳嗽可能由多种原因引起。比如，咳嗽变异性哮喘患者在凌晨时，气道反应性增高，容易出现咳嗽症状，这类患者占慢性咳嗽病因的25%左右。
呼吸系统疾病相关
上呼吸道感染后咳嗽： 部分人患感冒等上呼吸道感染后，咳嗽症状会持续较长时间，有时在凌晨较为明显。这是因为上呼吸道感染会导致呼吸道黏膜受损，敏感性增加，凌晨时迷走神经相对兴奋，容易引发咳嗽。一般来说，上呼吸道感染后咳嗽会持续3 - 8周左右。慢性支气管炎： 多见于中老年人，患者气管、支气管黏膜及周围组织有慢性非特异性炎症。凌晨时，气管内分泌物增多，刺激气道，从而引起咳嗽。这类患者通常有长期吸烟等病史，咳嗽往往会伴有咳痰，痰液一般为白色黏液或浆液泡沫性。
环境因素影响
空气干燥： 冬季室内供暖等原因可能导致空气过于干燥，凌晨时空气湿度相对更低，干燥的空气会刺激呼吸道黏膜，引发咳嗽。建议可以在室内使用加湿器，将空气湿度保持在40% - 60%为宜。过敏原刺激： 如果卧室中有尘螨、花粉等过敏原，凌晨时人体处于睡眠状态，接触过敏原的机会相对集中，就容易诱发咳嗽。比如尘螨，其代谢产物等是常见过敏原，要经常清洗床上用品，保持卧室清洁，减少尘螨滋生。
胃食管反流相关
胃食管反流性咳嗽： 夜间平卧时，胃酸等胃内容物容易反流至食管，刺激咽喉部，导致凌晨咳嗽。这类患者往往还会伴有烧心、反酸等症状。有胃食管反流问题的人，睡觉时可适当将床头抬高15 - 20厘米，减少反流发生的几率。