坐车头疼可能由多种原因引起，比如约有30%-50%的人存在晕动病相关的坐车头疼情况。
一、内耳平衡系统受刺激导致
前庭功能敏感： 有些人的内耳前庭器官比较敏感，当坐车时车辆的加速、减速、转弯等运动刺激到前庭器官，就会引起神经冲动，进而可能导致头疼。一般这种情况在长时间坐车后更容易出现。视觉输入与前庭信息冲突： 坐车时，如果眼睛看到的景物和身体感受到的运动状态不一致，比如看着车内固定物体，而身体却在晃动，就会使内耳前庭、视觉等多个感觉器官传来的信号不一致，从而引发头疼。这种情况在乘车环境复杂，如车内光线昏暗又有晃动时更易发生。
二、气压变化影响
车厢内气压变化： 车辆行驶过程中，尤其是高速行驶时，车厢内的气压可能会发生变化。这种气压变化可能会影响头部的血液循环等，从而导致头疼。一般在车辆高速行驶一段时间后，部分人会感觉到这种因气压变化引起的头疼。密闭空间空气不流通： 车内空间相对密闭，如果人员较多，空气不流通，会导致氧气含量相对降低，也可能引发头疼。比如长时间在人员密集且通风不好的车内，大约1-2小时后可能就会出现头疼症状。
三、个体体质差异
神经敏感度不同： 不同人的神经系统敏感度不一样，有些人神经比较敏感，坐车时更容易受到各种因素影响而出现头疼。比如神经敏感的人可能坐车1小时左右就会开始感觉到头疼。既往疾病影响： 本身有偏头痛、高血压等疾病的人，坐车时更易诱发头疼。有偏头痛病史的人，约30% - 50%在坐车后会诱发偏头痛发作导致头疼；高血压患者坐车时血压波动，也可能引发头疼，尤其是血压原本控制不稳定的患者。