正常精子的颜色为灰白色或略带黄色。如果禁欲时间较长，由于理化性质改变，颜色会黄些。这都是正常的。
异常的精液包括：精液呈乳白色或略带黄绿色，表明生殖道内有炎症，很可能是前列腺和精囊的化脓性感染。精液呈红色，表明精液中含有红细胞，通常称为“血精”。血精多数由精囊炎或前列腺炎所致。这类由炎症引起的血精多为淡红色。如果因血管畸形引起小血管破裂，血精呈鲜红色，并见有血凝块。
如果精液中出现黄色果冻状颗粒，可能是精液不液化的表现。正常精液射出后，在精囊凝固酶的作用下会变为胶冻状，经15—30分钟，又在前列腺液化酶的作用下变为液体，称为精液液化。如果精液射出30分钟后仍不液化，则属于病理情况，称为精液不液化。