引起小便时尿道刺痛的原因有很多，主要包括以下几点：
1.尿道炎：由淋球菌或非淋球菌引起的尿道炎症，常伴有尿频、尿急、尿痛等症状。治疗尿道炎的常用药物有头孢曲松、大观霉素等。
2.膀胱炎：膀胱发生炎症，也会出现尿痛的症状，还可能伴有尿频、尿急等。膀胱炎的治疗可选用磺胺甲基异恶唑、甲氧苄啶、碳酸氢钠等药物。
3.前列腺炎：男性前列腺发生炎症，也会出现尿痛的症状，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等。前列腺炎的治疗可选用红霉素、多西环素、坦洛新等药物。
4.泌尿系统结石：尿路中存在结石，也会导致小便时尿道刺痛，还可能伴有血尿、排尿困难等。较小的结石可以通过多喝水、多运动自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术取石。
5.其他：尿道口局部炎症、尿道损伤、尿道内异物、肿瘤等也会引起小便时尿道刺痛。
出现小便时尿道刺痛的症状，需要及时就医，明确病因，进行针对性治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，多排尿，避免憋尿，少吃辛辣刺激性食物。