小肚子疼可能由多种原因引起。比如女性生理期时，约有60% - 90%的女性会出现不同程度的小肚子疼，这是因为经期前列腺素分泌增加，导致子宫收缩引起的。
妇科相关原因
痛经： 除了生理期前列腺素分泌导致的小肚子疼外，子宫内膜异位症也可能引发痛经，这种情况会在月经期间及前后出现小腹疼痛，且疼痛可能逐渐加重。盆腔炎： 女性盆腔内的器官发生炎症时也会小肚子疼，比如输卵管炎、卵巢炎等，通常还会伴有白带增多、发热等症状，发病可能与不洁性生活、宫腔操作等有关。
肠道方面原因
肠炎： 细菌、病毒感染肠道引发肠炎会导致小肚子疼，比如大肠杆菌感染引起的肠炎，除了小腹疼痛外，还可能伴有腹泻、呕吐等症状，一般病程可能持续1 - 2周。肠梗阻： 肠道内容物通过障碍会造成小肚子疼，多表现为阵发性的腹部绞痛，同时伴有呕吐、停止排气排便等情况，严重的肠梗阻可能需要手术治疗。
泌尿系统原因
膀胱炎： 膀胱发生炎症时会出现小肚子疼，常伴有尿频、尿急、尿痛等症状，女性由于尿道短而直，更容易发生膀胱炎，比如大肠杆菌等细菌感染膀胱就可能引发。输尿管结石： 输尿管内有结石时会引起小肚子疼，疼痛较为剧烈，呈绞痛样，还可能伴有血尿，结石活动时疼痛会更加明显，通过超声等检查可发现结石位置。